Организации, имеющие филиалы, не могут применять УСН. Однако использовать это положение пп. 1 п. 3 ст. 346 12 НК РФ для досрочного отказа от упрощенки можно, только если филиал создается реально, а не на бумаге.
Спор между инспекцией и ООО вышел из-за вычетов по НДС. Соответствующие декларации подала организация, которая ранее применяла УСН, но потеряла право на упрощенную систему из-за появления филиала. В ходе камералки инспекция проверила, существует ли в реальности этот филиал. Выяснилось, что он создан формально. Так, по заявленному в ЕГРЮЛ адресу подразделение не располагалось – ни вывесок, ни баннеров, ни почтового ящика, ни иных признаков деятельности. Как пояснил собственник помещения, оно сдано в аренду ООО, но пустует, платежи по договору не вносятся. Руководитель филиала не назначался, работников в подразделении также не было (более того, соответствующие должности даже не были предусмотрены штатным расписанием). Отдельный счет филиалу не открывался.
Всё это позволило ИФНС, прийти к выводу, что филиал создан компанией формально, то есть исключительно с целью досрочного изменения режима налогообложения и получения налоговых вычетов по НДС. А поскольку это нарушает положения ст.54.1 НК РФ, налоговая правомерно отказала компании в применении таких вычетов.